Công ty Yến sào Khánh Hòa được UBND tỉnh giao nhiệm vụ quản lý, bảo vệ, khai thác, chế biến nguồn tài nguyên Yến sào. Với truyền thống bề dày kinh nghiệm và những thành tựu nghiên cứu khoa học về phát triển quần thể chim yến, phát triển hang đảo yến mới, Công ty hiện đang quản lý 32 đảo yến với 169 hang yến và 26 đơn vị trực thuộc, Công ty cổ phần thành viên với hơn 5.500 lao động có trình độ và tay nghề cao. Công ty đã thực hiện nhiều giải pháp kỹ thuật đồng bộ tại các hang yến, nâng cao sản lượng và chất lượng yến sào đảo yến thiên nhiên Khánh Hòa, năm 2015 sản lượng đạt 3.401 kg, tăng hơn 1.200 kg so với năm 2001. Công ty đã phát huy thế mạnh của nhà khai thác trực tiếp nguồn tài nguyên yến sào đảo thiên nhiên, và trở thành đơn vị dẫn đầu cả nước và châu Á về sản lượng Yến sào thiên nhiên. Đồng thời, Công ty thực hiện liên kết hỗ trợ, khôi phục, phát triển các đảo yến, hang yến thiên nhiên tại các tỉnh duyên hải trải dài từ Quảng Bình đến Côn Đảo, vực dậy tiềm năng phát triển các hang đảo yến ở Khánh Hòa và trên toàn quốc.